Xolos dio un giro de 360 grados al futbol mexicano, pues convirtió una plaza meramente beisbolera en futbolera y decidió hacerlo en cancha sintética, como parte de la innovación. En la actualidad es el único equipo de Primera División que juega en dicha superficie.
Después de ser equipo filial en sus primeros años, con nombres como Gallos Caliente, por fin el conjunto fronterizo se afianzó en 2007 bajo el nombre de Club Tijuana y el apodo de Xoloitzcuintles.
La primera época no fue la mejor, pues los caninos sufrieron un descenso en la entonces Primera “A” para bajar a Segunda División, no obstante la Federación Mexicana de Futbol decidió aumentar los equipos participantes de la “Liga de Plata”, por lo que Tijuana se mantuvo.
Después de esfuerzos económicos y deportivos, Tijuana comenzó a ser partícipe de las liguillas en Primera “A” y en el Clausura 2008 se quedó cerca de pelear el ascenso al máximo circuito, al perder la final frente a Mérida.
Xolos se coronó en el Apertura 2010 para conseguir medio boleto a Primera División, el cual disputaron frente a Irapuato y los fronterizos ganaron por global de 2-1 para ser el primer y único equipo de Baja California en militar en Primera División.
Joaquín del Olmo fue el entrenador encargado de llevar a Xolos a la máxima categoría del balompié mexicano.
Su aventura en la ahora llamada Liga MX inició en el Apertura 2011 en un descalabro frente a Morelia; mientras que la primera victoria fue ante Santos Laguna, y luego de local en el Estadio Caliente su primer triunfo llegó contra Pachuca.
La historia exitosa de Tijuana ocurrió en un santiamén, pues en el Apertura 2012 fue campeón de la Liga MX tras superar con global de 3-1 a Diablos Rojos del Toluca, bajo la dirección técnica del argentino Antonio Mohamed, quien había reemplazado a Del Olmo un certamen antes.
Dicho título le abrió las puertas a Xolos a nivel internacional, ya que disputaron la Copa Libertadores de América, máximo certamen de este continente a nivel de clubes.
Tijuana dejó buena impresión y se quedó a nada de eliminar al Atlético Mineiro, de Ronaldinho, a la postre campeón, pero el colombiano Duvier Riascos falló un penal en la ronda de cuartos de final.
También jugó la Liga de Campeones de Concacaf y alcanzó la instancia de semifinales, donde perdió frente a Cruz Azul.
Gracias a esos años de buenos resultados, Tijuana no ha tenido problemas de descenso, aunado también a que obtuvieron el récord de ser el primer club líder en dos torneos cortos consecutivos, Apertura 2016 y Clausura 2017, con Miguel Herrera en el timón.
Entre las figuras del club destacan Raúl Henríquez, goleador histórico con 81 tantos; Juan Carlos Núñez, elemento con más partidos defendiendo dichos colores (301); así como el paraguayo Pablo Aguilar, Riascos, Fidel Martínez, Joe Corona, Cirilo Saucedo, Dayro Moreno, entre otros.
En el presente Clausura 2018, Tijuana espera regresar a los primeros planos, volver a la Liguilla en este proyecto encabezado por el entrenador argentino Diego Cocca.