Con su debut el 4 de septiembre de 1983 a nivel profesional, inició la historia de este club, disputó su primer juego contra Bachilleres y logró el triunfo por 2-0 como locales, bajo el nombre en aquel tiempo Santos IMSS.
En su primera aparición, los “Laguneros” lograron obtener en el torneo 19 triunfos, 11 empates y ocho derrotas, además de contar con el goleador del campeonato, José Luis Rodríguez “El Puma”.
Fue hasta un 22 de diciembre de 1996, donde Santos venció a Necaxa 4-2 en el partido de vuelta de la final del torneo de Invierno ’96 de la Primera División, en la denominada "época profesional" del futbol mexicano.
En esa ocasión se coronaron con goles de Francisco Gabriel De Anda, doblete del argentino naturalizado mexicano Gabriel Caballero y un joven Jared Borgetti.
Santos ha tenido a grandes jugadores como Osvaldo Sánchez, ex portero del equipo, y fue campeón en los torneos Clausura 2008 y Clausura 2012.
El delantero Jared Borgetti consiguió dos títulos de goleo con los “albiverdes”, en el torneo de Invierno 2000 y Verano 2001, siendo el máximo anotador en su historia con 189 goles.
El fallecido Christian Benítez, quien recibió el premio al Mejor Jugador del Clausura 2008 con Santos y el chileno Rodrigo “Pony” Ruiz campeón en el 2001, jugó 294 partidos con la camiseta guerrera, anotó 59 goles y dio 78 pases para gol.
El club de futbol Santos Laguna, cumple 35 años de historia en el máximo circuito de la Liga Mexicana, siendo campeón en seis ocasiones 1996, 2001, 2008, 2012, 2015, 2018.