La Unidad de Investigación tendrá el objetivo de proporcionar a los alumnos y profesores de la UTSJR las herramientas necesarias para el desarrollo de tecnología que coadyuve en sus procesos formativos, además se utilizará para brindar servicios de asesoría e investigación a instituciones educativas y a los distintos sectores productivos del estado. Contará con seis laboratorios y un auditorio con la tecnología más avanzada.
Por concluir la primera etapa de la Unidad de Investigación de la Universidad Tecnológica de San Juan del RíoEn esta primera etapa serán edificados los laboratorios de microscopia electrónica de barrido y energías renovables. El resto de los laboratorios serán los de pruebas de materiales, de análisis químicos, de celdas de combustibles y biocombustibles y el laboratorio de nuevos materiales y procesos.
Es importante señalar que ya se cuenta con nueve docentes capacitados de las carreras de Energías Renovables y Química, cuatro de ellos en microscopia electrónica, y cinco en bancos de pruebas, además se adquirió en el año 2014 equipo de vanguardia como son los Bancos Científicos Didácticos-Tecnológicos y el Microscopio Electrónico de Barrido, este último tuvo un costo de 2 millones 350 mil pesos, adquirido gracias a un financiamiento del Fondo Mixto (FOMIX), entre el Gobierno del Estado de Querétaro y el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACyT) en su convocatoria publicada en 2013. Para este 2015 se contará con una cámara de vacío y una estación de pruebas de uso de combustible.
La Unidad de Investigación también contribuirá a corto plazo a la apertura de estudios de posgrado, ya que la UTSJR cumplirá con los requisitos académicos y de infraestructura que se necesitan para impartir estudios de ese nivel.