Los pupilos del técnico argentino Antonio Mohamed tuvieron en el Clausura 2016 un torneo destacado, en virtud de que lograron en la fase regular 12 victorias, un empate y sólo cuatro descalabros.
Eso les permitió terminar en la cima de la clasificación general con 37 puntos, a seis de su más cercano perseguidor que fueron los Tuzos del Pachuca, los cuales llegaron a 31 unidades tras las 17 jornadas.
Como local, Rayados se convirtió en rival difícil de superar, prueba de ello, es que consiguieron siete victorias y apenas dos descalabros y de visitantes también destacaron al sumar 16 unidades.
Por si fuera poco, de la mano de jugadores como el argentino Rogelio Funes Mori, el uruguayo Carlos Sánchez y los colombianos Dorlan Pabón y Edwin Cardona se convirtieron en la mejor ofensiva del certamen con 38 goles.
Para la liguilla de ese certamen, el conjunto regiomontano impuso su condición de favorito sobre los Tigres de la UANL en los cuartos de final y América en las semifinales, por lo que se enfilaba hacia un título más en su historia.
Sin embargo, en la final vio truncado su objetivo, en virtud de que se midió a los Tuzos del Pachuca, ante el cual perdió 1-0 en el partido de ida efectuado en el estadio Hidalgo y en el de vuelta, como local, empataron 1-1, por lo que el visitante se llevó el campeonato.
Para el Torneo Apertura 2016, Monterrey fue la otra cara de la moneda, ya que tuvo resultados adversos durante la fase regular, con seis victorias, siete igualadas y cuatro derrotas.
Antonio Mohamed batalló para encontrar un buen funcionamiento del equipo y luchó hasta la última jornada de la fase regular por conseguir un boleto a la liguilla, pero no le alcanzó, llegó a 25 puntos que le representó acabar en la novena posición de la tabla general y ser eliminado.
Además de disputar los torneos de la Liga MX, Monterrey jugó en la Copa MX Clausura 2016 y los dividendos tampoco fueron buenos, debido a que sufrió dos derrotas como anfitrión ante Atlético San Luis y Pachuca.
Como visitante derrotó a San Luis y al Celaya y también tuvo dos empates en la fase de grupos, resultados que a final de cuentas le representaron su eliminación, ya que quedó en el tercer sitio del sector C con nueve puntos.
Por si fuera poco, Monterrey una vez más fracasó en su intento por trascender, debido a que en la Liga de Campeones de la Concacaf también batalló, fue superado por el equipo panameño Árabe Unido tanto de local como de visitante.
Aunque en sus otros dos compromisos pudo derrotar al cuadro haitiano Don Bosco, no le alcanzó para mantenerse en la lucha por el título y terminó por quedarse sólo en el intento de llegar a la segunda ronda.
El 2016 fue para los Rayados de Monterrey un año complicado, en el que los resultados positivos no llegaron y ello le representó quedarse en el camino de alcanzar las metas trazadas al inicio de cada torneo.