La capacitación se realiza en 7 Planteles ubicados en 6 municipios: 4 Jalpan, 5 Cadereyta, 10 San Juan del Río, 11 Ezequiel Montes, 12 Tequisquiapan y en la capital queretana en los Planteles 13 Epigmenio González y 17 Constitución de 1917.La capacitación ofrecida por las Direcciones Académica y de Recursos Humanos, abarca temas genéricos dirigidos a los docentes que imparten cualquier disciplina, como el Fomento a la Lectura; Hombres Jóvenes y Masculinidades; Prevención del Consumo de Alcohol, Tabaco y Drogas ilegales en el contexto escolar.
Así como de Primeros Auxilios, el cual también se ofrece al personal administrativo, con la finalidad de que la mayoría del personal institucional adquiera las destrezas y habilidades necesarias, ante alguna emergencia como primera respuesta.
También se ofrecen cursos especializados en alguna área del conocimiento como Historia Universal Contemporánea; Matemáticas, Inglés, Informática y Desarrollo Empresarial, entre otros.De esta manera el COBAQ promueve entre sus docentes activos el desarrollo en los ejes socio-emocional, disciplinar y uso de las Tecnologías de la Información y Comunicación.
La institución contribuye al mejoramiento de la calidad educativa, a través de un conjunto de estrategias, procesos y acciones de gestión académica, enfocados al proceso de enseñanza y aprendizaje, con la finalidad de cumplir con la misión institucional de transformar las vidas de los estudiantes para que accedan a un mejor futuro.